Le 28 janvier 1986, la navette spatiale Challenger explose en vol. Tous les projets de vols habités de la NASA, dont celui de la station spatiale, sont gelés. En 1987, plusieurs études successives, menées par la NASA et le Conseil de la recherche américain, portent l'estimation du coût de la station à 13 milliards de dollars puis à 24,5 milliards de dollars. Le16 juillet 1988, le Président Ronald Reagan baptise la station Freedom (« Liberté »). Au cours des années suivantes les études se suivent pour tenter de franchir l'opposition d'un Congrès peu convaincu par le projet, mais la station n'obtient pas le feu vert des décideurs. En 1993, 11,4 milliards de dollars avaient été dépensés en études et pas le moindre composant n'avait été produit. Le Président Bill Clinton, qui vient d'être élu dans un contexte budgétaire national difficile, demande à la NASA en février 1993 de revoir à nouveau sa copie. La nouvelle épure, baptisée Alpha, abandonne un grand nombre de fonctionnalités (régénération de l'environnement, modules servant de liaison, poutre raccourcie, sas simplifié) sans parvenir à respecter le budget butoir fixé par le président.